4月16日上午，青海玉树7.1级地震应急救援指挥部召集全体应急工作队员在位于玉树地震台的指挥部召开应急工作动员会。青海玉树7.1级地震应急救援指挥部总指挥、青海省地震局张新基局长对各兄弟单位同志不辞辛苦来到灾区支援表示慰问和感谢，对灾区目前的整个救灾情况和应急队员的生活工作的后勤保障情况向大家作了通报，并表示青海省地震局一定尽最大的努力保障好大家的生活和工作。中国地震局震灾应急救援司应急协调处侯建盛处长就本次地震应急的工作任务、工作职责和工作纪律提出了具体的要求。中国地震局工程力学研究所袁一凡教授对即将展开的灾害损失评估和科学考察工作作了详细的要求和说明。来自中国地震局部分研究院所、西北五省地震应急联动协作区、浙江省地震局、江苏省地震局共130余名应急工作队员参加了动员会。

16日按照指挥部的安排，新疆应急工作队谭明在指挥部协助袁一凡等专家收集整理灾害评估等内业资料。胡伟华副处长和王伟负责玉树县郊与治多县之间的灾评和科考工作，沿线驱车400公里，走访了牧区、乡镇、学校、卫生院等居民分散点和集中居住区，共完成了25个抽样点的调查工作，当晚住在治多县。

由于玉树灾区位于高海拔地区，高原缺氧，中国地震灾害紧急救援队和部分省地震灾害紧急救援队30多名官兵出现严重高原反应，被紧急送往兰州等地的医院进行治疗。地震现场工作队已有部分人员出现缺氧造成的各种身体不适反应，指挥部要求大家务必要注意自身安全，如有身体不适情况及早反应，视情况安排下山。所幸的是，新疆地震应急工作队三名队员目前身体没有出现较大的反应，正在灾区顺利工作。